JAの医療事業は、明治33年に制定された産業組合法のもと、疲弊する農村を守るため、無医村地区の解消と低廉な医療供給を目的とし、大正8年11月に島根県鹿足郡青原村の青原村信用購買販売生産組合により設立された「青原組合医院」が最初とされています。その後、この島根県で起きた産業組合による医療事業の創始は、やがて岡山県そして青森県へと全国的に広がりをみせました。戦時中（昭和18年）は農業団体の統合整備により農業会に改組、昭和23年に農業会が解散し、農協法のもとで厚生連がこれを継承しました。
富山県においては、昭和初期、金融恐慌に次いで世界的経済恐慌等一連の不況下にあり農村恐慌もいよいよ厳しさを増し、農山村民の生活も窮乏の一途を辿っていました。この窮状を打開し「農山村民の生活と健康を守る」ため、全国で初めて「区域を全県一区域とする一連合会組織による医療機関」として、昭和11年10月、富山県産業組合病院（現・厚生連高岡病院）が開設されました。さらに、昭和20年7月に第二病院（現・厚生連滑川病院）が開設され現在に至っています。